Сюжет подаётся в виде воспоминаний, поглощенных Алексом персонажей, а так же роликов во время начала сюжетных миссий и нового этапа игры.

Действие игры происходит в условном настоящем, в Нью-Йорке. Город заражен неизвестным вирусом, который превращает население в мутантов. Алекс Мёрсер приходит в себя в городском морге, он не помнит ничего о своей прошлой жизни, кроме своего имени. Убежав от преследователей, главный герой попадает на улицы Нью-Йорка, которые погружены в хаос военных действий, развернутых военными силами США, при поддержке специального подразделения Black Watch, против мутировавшего населения. Вскоре Мёрсер обнаруживает, что он обладает способностью к поглощению всех, кого он убивает, а их память и знания, а так же внешний вид становятся его частью, пользуясь этим Алекс пытается разобраться, что же произошло с ним и кто виновен в заражении целого города.